인증키를 이용한 보관함 보안 시스템 및 그의 동작 방법이 개시된다. 본 발명의 실시 예에 따른 인증키를 이용한 보관함 보안 시스템은, 근거리 통신이 가능하고, 보안을 필요로 하는 보관함에 장착되어 보관함의 도어에 대한 디지털 락의 잠금 및 해제를 제어하는 디지털 잠금장치, 디지털 잠금장치와의 근거리 통신이 활성화되면, 인증설정을 요청하는 사용자 단말장치, 및 사용자 단말장치의 인증설정 요청에 응답하여 인증키를 생성하고, 생성된 인증키를 사용자 단말장치로 전송하는 인증 서버를 포함하며, 사용자 단말장치는 인증 서버로부터 전송된 인증키를 저장한 후, 디지털 잠금장치로 인증키를 전송하고, 디지털 잠금장치는, 사용자 단말장치로부터 전송된 인증키를 저장한다.